अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में इस्लामिक स्टडी में सनातन धर्म की पढ़ाई को लेकर रार मची हुई है. भाजपा से जुड़े छात्र नेताओं का कहना है कि अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय कोई इस्लामिक संस्थान नहीं है. बीएचयू में भी वर्षों से उर्दू की शिक्षा दिए जाने पर हिंदू समाज को कभी आपत्ति नहीं रही. तो वही एएमयू में इतने वर्षों बाद सनातन धर्म की शिक्षा दिए जाने की शुरुआत से किसी को आपत्ति नहीं होनी चाहिए. वहीं एएमयू के छात्र नेताओं ने बताया कि देश हित के मुद्दों से भटकाने के लिए भारतीय जनता पार्टी ने मुद्दा उठाया है. हालांकि छात्रों ने कहा कि सनातन धर्म को लेकर एक अलग डिपार्टमेंट खुलवा दें, ताकि लोगों को रोजगार मिल सकेगा। 
 
एएमयू छात्रसंघ के पूर्व अध्यक्ष  फैजुल  हसन ने बताया कि किसी भी विषय का सेलेबस  एकेडमिक व एक्जीक्यूटिव कौसिल में बनाया जाता है. और यूजीसी में लेटर भेजा जाता है. स्लामिक स्टडी में कोई बदलाव होगा तो यूजीसी के जरिए होगा. एएमयू यूजीसी की गाइड लाइन और शिक्षा मंत्रालय को फालो करता है. प्रधानमंत्री और राष्ट्रपति एएमयू की तारीफ करते हैं. यह नया बखेड़ा खड़ा कर दिया गया है. थियोलाजी विभाग में सनातन धर्म की पढाई कराई जाती है. गरीबी , भुखमरी , बरोजगारी को पीछे कर धर्म के मुद्दे लाये जा रहे है.  जो देश को बचाने के मुद्दे नहीं हैं। 

एएमयू के छात्रनेता कुंवर अखलाक मोहम्मद ने कहा कि सनातन धर्म का पाठ एएमयू में की वर्षों से पढ़ाया जा रहा है. उन्होने कहा कि इस्लामिलक स्टडी में सनातन धर्म की पढाई कराना नाजायज है. एएमयू में कोई भेदभाव नहीं है. कुछ लोग हिन्दू- मुसलमान कर के विवाद पैदा करना चाहते हैं. उन्होने बताया कि  हुकूमत ए हिंद के इशारे पर एएमयू प्रशासन काम कर रहा है .उन्होंने बताया कि थेलोजी डिपार्टमेंट में सनातन धर्म की पढ़ाई वर्षों से चली आ रही है लेकिन इस्लामिक स्टडीज में सनातन धर्म की पोस्ट को इंक्लूड करना कहीं न कहीं एक षड्यंत्र है और यह महज केवल एक सियासी मुद्दा बन सकता है। 
 
इस्लामिक स्टडीज डिपार्टमेंट में पहले मौलाना मौदूदी और सैयद कुतुब की किताबों को हटाया गया. वहीं अब सनातन धर्म की शिक्षा दिये जाने पर  एएमयू छात्र नेता ने कहा कि विश्वविद्यालय प्रशासन केंद्र सरकार के सामने सरेंडर कर दिया है. छात्रों ने बताया कि पिछले लंबे अरसे से थियोलॉजी डिपार्टमेंट में सनातन धर्म पढ़ाया जा रहा है. एकेडमिक इंस्टीट्यूट में सनातन धर्म पढ़ाया जाना चाहिए. लेकिन इस्लामिक स्टडीज में जबरन कोर्स शुरू करने की बात कही जा रही है. अगर सनातन धर्म को पढ़ाना चाह रहे हैं तो सनातन स्टडीज के नाम से अलग डिपार्टमेंट खोल देना चाहिए। 
 
भारतीय जनता पार्टी के महानगर उपाध्यक्ष अमित गोस्वामी ने कहा कि सनातन धर्म के प्रति इतनी नफरत रखने वालों को स्पष्ट रूप से समझना होगा एएमयू इस्लामिक संस्थान नहीं है. बल्कि जनता के टैक्स चलने वाला केंद्रीय विश्वविद्यालय है. एएमयू के इस्लामिक स्टडी सेंटर में सनातन धर्म के पाठ्यक्रम को प्रारंभ करने से संस्थान में व्याप्त मुस्लिम तुष्टिकरण का खात्मा होगा. जिसके लिए एएमयू इंतजामियां धन्यवाद का पात्र है. वहीं भाजपा युवा मोर्चा के छात्रनेता सौरभ चौधरी ने बताया कि एएमयू के इस्लामिक स्टडी सेंटर में सनातन धर्म की शिक्षा दिये जाने की स्वीकृति दी है. इसके लिए चैयरमैन और कुलपति ने देश को एकसूत्र में पिरोने का काम किया है. मजबह और तुष्टिकरण से उठकर काम किया है।